تفاوت اين دو شركت ابتدا در حوزه عمليات قرار دارد . آبفاي روستايي مسئوليت تامين آب شرب و دفع بهداشتي فاضلاب روستاهاي استان را به عهده داشته ، در حالي كه شركت آبفاي شهري مسئوليت تامين آب شرب و دفع بهداشتي فاضلاب در سطح شهرهاي استان را دارا مي باشد.